Mae naw her i ganolbwyntio arnynt wrth ymgorffori probiotigau mewn matricsau bwyd. Y rhain yw: 1. dewis straen, 2. cynhyrchu straen, 3. sut i frechu bwyd, 4. sut i sicrhau goroesiad wrth brosesu, 5. sut i osgoi colli hyfywedd yn ystod storio, 6. sut i gyfrifo [Probiotics] Cyfrif lliw, 7. Effeithiau ar briodweddau synhwyraidd bwyd, 8. Sefydlogrwydd [Cadw cynnyrch] yng nghartrefi defnyddwyr, 9. A chwarae rhan yn y llwybr gastroberfeddol.
Yn benodol, mewn sudd, mae asidau organig yn aml yn dod â pH y cynnyrch o dan 4, a fydd yn atal y probiotigau rhag goroesi. Wrth ddethol, dylid ystyried y probiotigau hynny sy'n goddef pH isel, megis Lactobacillus dros Bifidobacterium.