Er bod probiotegau yn cael eu hystyried yn fuddiol i iechyd, i rai pobl, gall amlyncu cychwynnol y micro-organebau hyn achosi ystod o symptomau anghyfforddus. Wrth gymryd probiotegau am y tro cyntaf, gall rhai pobl brofi symptomau fel chwyddo, dolur rhydd, cur pen, twymyn, poen yn y cyhyrau, niwl yr ymennydd, ac o bosibl pryder. Credir bod y symptomau hyn yn ymateb i newidiadau sy'n digwydd yn y corff, megis tranc pathogenau posibl neu adweithio ymatebion berfeddol, ffenomen y cyfeirir ati weithiau fel "adwaith Herxheimer."
Mae adwaith Herxheimer yn ymateb cychwynnol sydd fel arfer yn dangos bod y corff yn addasu i amgylchedd microbaidd newydd. Gall hyn fod oherwydd bod y probiotegau'n rhyngweithio â'r gymuned ficrobaidd bresennol, gan achosi marwolaeth y bacteria neu ryddhau metabolion sy'n sbarduno'r symptomau hyn. Er ei fod yn anghyfforddus, mae'r adwaith hwn fel arfer yn fyrhoedlog ac yn cilio'n gyflym. Gellir meddwl amdano fel rhan o broses homeostasis y corff.
Mae hyn fel arfer yn effeithio ar nifer fach o bobl yn unig, gyda'r symptomau'n ysgafn ac fel arfer yn para dim ond ychydig ddyddiau i ychydig wythnosau. Os yw'r symptomau hyn yn eich gwneud yn anghyfforddus, gallwch leihau eich dos neu roi'r gorau i'w ddefnyddio am ychydig ddyddiau cyn ceisio eto; os yw'r symptomau hyn yn parhau am fwy nag ychydig wythnosau, peidiwch â'i ddefnyddio; os oes gennych fyrder anadl, gwddf tyn, cychod gwenyn, neu symptomau adweithiau alergaidd eraill, rhowch y gorau i'w ddefnyddio ar unwaith. Er mwyn lleihau'r posibilrwydd o sgîl-effeithiau, yn enwedig ar gyfer y rhai sydd â systemau treulio sensitif, mae'n ddoeth dechrau gydag ychydig bach o probiotegau ac yna cynyddu'r dos dros ychydig wythnosau.
Mae angen defnyddio probiotegau gyda gofal arbennig yn y rhai â diffygion imiwnedd difrifol, oherwydd mewn achosion prin, gall llyncu probiotig arwain at haint. Mae hyn oherwydd na all y system imiwnedd reoli'r toreth o ficro-organebau yn y corff yn effeithiol, gan achosi'r risg o haint.
Efallai y bydd gan rai pobl adweithiau alergaidd i rai mathau o probiotegau, yn enwedig burumau sy'n gysylltiedig â Saccharomyces boulardii. Yn gyffredinol, nid yw mathau eraill o probiotegau, megis lactobacilli, yn sbarduno adweithiau alergaidd.
Gall rhai probiotegau gynhyrchu histamin yn y llwybr treulio. Gall rhyddhau histamin yn ormodol achosi symptomau fel cosi, mwy o gynhyrchiant dagrau, trwyn yn rhedeg, anhawster anadlu, cochni a chwyddo, yn enwedig i'r rhai ag anoddefiad histamin. Osgoi'r straenau probiotig hyn i atal anghysur.